O Instituto Junguiano de São Paulo começou informalmente a partir de 1991 quando um grupo de analistas ligados à IAAP – International Association for Analytical Psychology, Zurique, como Glauco J. R. Ulson, do grupo pioneiro de junguianos de São Paulo, bem como outros analistas formados na SBPA – Sociedade Brasileira de Psicologia Analítica, como Candido P.Vallada, Paula Boechat e Priscila M. C. Caviglia e outros ainda com formação no próprio C. G. Jung Institut de Zurique, como Carlos Alberto Salles e Elisabeth B. Zimmermann resolveram se unir e criar uma nova sociedade junguiana.
Em 11 de novembro de 1991 foi fundada a AJB – Associação Junguiana do Brasil , com o propósito de agregar analistas brasileiros espalhados pelo país, num grupo com identidade própria e de se desdobrar em institutos regionais que, com diretrizes comuns, teriam ampla liberdade de atuação de acordo com suas características e necessidades próprias.
A partir de 2 de janeiro de 1994, já com sua condição jurídica reconhecida, o Instituto Junguiano de São Paulo responde pela divulgação da psicologia analítica e pela formação de novos analistas junguianos dentro do escopo da AJB.
Desde seu início o IJUSP organizou os congressos brasileiros anuais da AJB de 1995 (Atibaia), de 1998 (São Paulo), de 2002 (Itú), de 2007 (Atibaia), de São Paulo (2013). Mantém grupos de formação de analistas, que são oferecidos anualmente. Além disso participa da organização e da comissão científica dos Congressos Latino-Americanos de Psicologia Junguiana, que se realizam a cada 3 anos.
Cursos, conferências e outras atividades sempre estiveram na pauta do instituto, que recebeu muitos colegas junguianos do exterior para atividades didáticas, trocas de experiência ou simples visitas informais, tais como Thomas Kirch, Murray Stein, Verena Kast, Luigi Zoja, Hester Solomon, Marion Woodman, John Beebe, Andrew Samuels, Ann Ulanov.